Het bestuur wordt ondersteund door het stafbureau waarbij twee stafdirecteuren verantwoordelijk zijn voor diverse beleidsterreinen. De stafdirecteuren en stafmedewerkers ondersteunen het bestuur in de beleids- en bedrijfsvoering.
Bestuurder
Dhr. G. H. van Vliet
Stafdirectie Onderwijs & Kwaliteitszorg
Dhr. A. Dijkstra
Stafdirectie Financiën en Beheer, Personeelszaken
Dhr. J. H. Klaassens
Het bevoegd gezag van Ubbo Emmius wordt gevormd door het bestuur. Het bestuur is verantwoordelijk voor het geheel van de scholengemeenschap. De Raad van Toezicht ziet toe op de beleids- en bedrijfsuitvoering van Ubbo Emmius.
Leden Raad van Toezicht
Dhr. J. Bessembinders (vice-voorzitter)
Dhr. W. H. Everts (Voorzitter)
Mevr. M. Westerbeek
Dhr. A. Dijkstra (Ambtelijke secretaris)
De scholengemeenschap bestaat uit acht locaties. De locaties worden geleid door locatiedirecteuren. Zij hebben de dagelijkse leiding van een locatie en zijn verantwoordelijk voor de uitvoering van het beleid.
Onstwedde
Mevr. I. de Boer
Stadskanaal – Engelandlaan
Mevr. L. van Sloten-Aardema
Stadskanaal – Maarsdreef
Mevr. L. van Sloten-Aardema
Stadskanaal – Stationslaan
Dhr. J. A. Baerveldt
Stadskanaal – Sportparklaan
Dhr. M. L. S. Leegte
Stadskanaal – Praktijkonderwijs
Dhr. C. Zaal
Winschoten
Mevr. L. Buiter